Wir freuen uns immer über Anfragen von engagierten Studierenden aus den Bereichen Bioinformatik, Molekulare Biotechnologie, Biologie und Agricultural Biosciences. Für unsere Arbeiten sind vor allem computational skills von Vorteil, insbesondere der Umgang mit Hochleistungsrechnern (HPC), der Kommandozeile, sowie Programmierkenntnisse in Python oder R. Wenn diese Fähigkeiten noch nicht vorhanden sind, empfehlen wir in der Regel, ein Praktikum bei uns zu absolvieren, um die Grundlagen zu erlernen.

Mögliche Themen für Abschlussarbeiten:

Untersuchung der Auswirkungen der Hexaploidisierung auf die Genexpression bei Hafer: In diesem Projekt vergleichen wir die Genexpression in hexaploiden Haferspezies mit deren tetraploiden Vorfahren. Es wird erforscht, wie die Hinzufügung eines neuen Genoms durch Hybridisierung die Genregulation beeinflusst hat.

Strukturvarianten-Analyse im Hafer-Pangenom: In diesem Projekt geht es um die Analyse von SNPs und Strukturvarianten im Hafer-Pangenom. Das Ziel ist es, die genetische Vielfalt zu erfassen und ihre Auswirkungen auf agronomisch wichtige Eigenschaften zu untersuchen.

Analyse der Genfamilien-Expansion und -Kontraktion in der Beta-Glucan-Biosynthese von Hafer: Dieses Projekt untersucht die evolutionäre Dynamik von Genfamilien, die an der Beta-Glucan-Biosynthese beteiligt sind. Ziel ist es, genetische Variationen und deren Auswirkungen auf den Beta-Glucan-Gehalt zwischen wildem und domestiziertem Hafer zu verstehen

Identifizierung von paralogen Genen in Pangenomen: Diese Arbeit fokussiert sich auf die Analyse von Genverdopplungen im Pangenom von Hafer. Untersucht wird, ob diese Gene funktionelle Divergenz zeigen und welche Rolle sie in der Evolution spielen.

Erforschung von Dürrestress-bezogenen Genfamilien in Gräsern: Diese Arbeit widmet sich der Analyse von Genfamilien, die mit der Dürretoleranz in Getreidepflanzen assoziiert sind. Untersucht werden Strukturvarianten und ihre funktionellen Auswirkungen auf die genetische Vielfalt von Dürrestresistenz-Genen.

Identifizierung von Genen, die für spezifische Pflanzen-Mikroben-Interaktionen einzigartig sind: Wir bieten regelmäßig Abschlussarbeiten im Rahmen des TRR356 zur Analyse von Pflanzen-Mikroben-Interaktionen auf genomischer Ebene an. Das Ziel dieser Arbeiten ist die Identifizierung von Genen, die spezifisch für bestimmte Interaktionen zwischen Pflanzen und Mikroorganismen sind, wie etwa bei Pathogenen oder symbiontischen Organismen. Gleichzeitig sollen auch Gene untersucht werden, die bei verschiedenen Arten von Interaktionen eine Rolle spielen. Ein besonderer Schwerpunkt liegt auf dem Vergleich unterschiedlicher Pflanzenarten, um Gemeinsamkeiten und Unterschiede in den genetischen Mechanismen dieser Interaktionen zu erkennen. Die gewonnenen Erkenntnisse könnten zu neuen Ansätzen für die Verbesserung der Pflanzenresistenz gegen Pathogene oder zur Förderung vorteilhafter symbiotischer Beziehungen in Kulturpflanzen beitragen.

Verwendung des VG Toolkits zur graphbasierten Genomanalyse bei hexaploidem Hafer: Hierbei wird das VG Toolkit eingesetzt, um genomische Variationen bei acht hexaploiden Haferlinien, die eine wichtige Rolle bei der Dürrestressresistenz spielen, zu analysieren.

Benchmarking von bioinformatischen Tools in der Pflanzengenomforschung: Ein möglicher Forschungsschwerpunkt ist das Benchmarking verschiedener bioinformatischer Tools, z.B. solche die zur automatisierten funktionellen Annotation von Genen und Proteinen eingesetzt werden. Hierbei können reale sowie simulierte Datensätze verwendet werden, um die Stärken, Schwächen und die Eignung der Tools für bestimmte Anwendungen zu bewerten. Dies bietet eine wertvolle Grundlage für die Wahl geeigneter Methoden in der bioinformatischen Analyse und ist eine interessante Option insbesondere für Praktika.