Für seine Dissertation mit dem Titel “Discovery of novel beneficial alleles in maize landraces for the improvement of quantitative traits” erhielt Manfred Mayer den Wricke Forschungspreis 2022.
Weiterhin wurde er mit dem Gaterslebener Forschungspreis 2022 der Gemeinschaft zur Förderung der Kulturpflanzenforschung für herausragende Arbeiten eines Nachwuchswissenschaftlers ausgezeichnet.